BRCA1 — CNV (великі делеції/дуплікації), MLPA

Патоморфологічна та онкологічна панель

BRCA1 - CNV (великі делеції/дуплікації), MLPA - молекулярно-генетичне дослідження для виявлення змін кількості копій ділянок гена BRCA1: делецій або дуплікацій одного чи кількох екзонів, а також змін, що охоплюють увесь ген, у межах покриття тест-системи.

Ген BRCA1 бере участь у репарації дволанцюгових розривів ДНК шляхом гомологічної рекомбінації. Патогенні та ймовірно патогенні гермінальні варіанти цього гена асоційовані зі спадковою схильністю насамперед до раку грудної залози та яєчників, включно з раком маткових труб і первинним перитонеальним раком.

Дослідження виконують методом MLPA - мультиплексної лігазозалежної ампліфікації зондів (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification). Метод дозволяє оцінити відносну кількість копій досліджуваних ділянок BRCA1 та виявити втрату або збільшення кількості їхніх копій.

Аналіз доповнює секвенування BRCA1, якщо попереднє дослідження не охоплювало великі делеції/дуплікації або мало обмеження щодо їх виявлення. Також MLPA може застосовуватися для підтвердження CNV, запідозрених за результатами NGS.

Дослідження не замінює секвенування BRCA1, аналіз BRCA2 або інших генів спадкової онкологічної схильності. Для оцінки гермінальних змін використовують ДНК непухлинного матеріалу, зазвичай периферичної крові.

• завершення комплексного аналізу BRCA1 у пацієнтів із показаннями до гермінального тестування, якщо попереднє секвенування не виявило патогенних або ймовірно патогенних варіантів, а аналіз великих делецій/дуплікацій не проводився або був технічно обмеженим;
• підтвердження або уточнення делеції/дуплікації BRCA1, виявленої чи запідозреної за результатами NGS, відповідно до рекомендацій лабораторії;
• обстеження повнолітніх кровних родичів носія встановленої патогенної або ймовірно патогенної делеції/дуплікації BRCA1, якщо метод дозволяє виявити конкретний сімейний варіант;
• перевірка гермінального походження клінічно значущої CNV BRCA1, виявленої в пухлині, після оцінки результату лікарем-генетиком.

Перед призначенням окремого аналізу BRCA1 методом MLPA необхідно оцінити висновок попереднього генетичного дослідження: перелік проаналізованих генів, типи досліджуваних варіантів, наявність аналізу CNV та його обмеження. Вибір між окремим дослідженням і комплексною панеллю визначається клінічною ситуацією.

Виявлення великих делецій і дуплікацій BRCA1 доповнює діагностику спадкової онкологічної схильності та дозволяє ідентифікувати клінічно значущі варіанти, які могли залишитися невиявленими під час секвенування без валідованого аналізу CNV.

Встановлення патогенного або ймовірно патогенного гермінального варіанта BRCA1 підтверджує BRCA1-асоційовану спадкову схильність і має значення для:

• персоналізації онкологічного спостереження та обговорення заходів зі зниження ризику раку грудної залози й яєчників;
• оцінки ризику розвитку інших первинних пухлин у пацієнтів із уже встановленим онкологічним захворюванням;
• вибору системної терапії, зокрема оцінки можливості застосування PARP-інгібіторів відповідно до типу пухлини, стадії захворювання та чинних показань;
• проведення медико-генетичного консультування та прицільного каскадного тестування кровних родичів.

Негативний результат не виключає спадкової онкологічної схильності, оскільки дослідження обмежене виявленням делецій/дуплікацій BRCA1 у межах покриття та чутливості методу. Подальшу діагностичну тактику визначають з урахуванням обсягу попереднього тестування, особистого й сімейного анамнезу.

Варіанти невизначеного клінічного значення (VUS) не є самостійною підставою для зміни лікування або проведення профілактичних операцій. Клінічні рішення ґрунтуються на підтвердженому результаті та класифікації виявленого варіанта.

BRCA1 — CNV (великі делеції/дуплікації), MLPA