Синдром Лінча — CNV MLH1/MSH2/EPCAM, MLPA

Патоморфологічна та онкологічна панель

Синдром Лінча - CNV MLH1/MSH2/EPCAM, MLPA - молекулярно-генетичне дослідження для виявлення великих делецій і дуплікацій генів MLH1 та MSH2, а також клінічно значущих делецій кінцевої ділянки гена EPCAM у межах покриття тест-системи.

Гени MLH1 і MSH2 кодують білки системи репарації помилково спарених нуклеотидів ДНК - MMR (Mismatch Repair). Патогенні та ймовірно патогенні гермінальні варіанти цих генів можуть спричиняти синдром Лінча - спадкову схильність насамперед до колоректального раку та раку ендометрія, а також низки інших злоякісних новоутворень.

Ген EPCAM не належить до генів системи MMR. Однак делеції, що охоплюють його 3′-кінцеву ділянку, можуть призводити до метилування та пригнічення роботи сусіднього гена MSH2 і бути причиною синдрому Лінча.

Дослідження виконують методом MLPA - мультиплексної лігазозалежної ампліфікації зондів (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification). Метод оцінює відносну кількість копій досліджуваних ділянок ДНК. Для визначення гермінальних змін використовують ДНК непухлинного матеріалу, зазвичай периферичної крові.

Аналіз доповнює секвенування, якщо попереднє дослідження не включало валідованого пошуку відповідних CNV або мало технічні обмеження. Також його застосовують для підтвердження змін, запідозрених за результатами NGS.

Дослідження не замінює комплексного генетичного обстеження на синдром Лінча: не охоплює всі типи варіантів MLH1 і MSH2 та аналіз генів MSH6 і PMS2. При втраті експресії MLH1/PMS2 необхідно враховувати результати дослідження
метилування промотора MLH1 у пухлині, метилювання.

• завершення комплексного генетичного обстеження при підозрі на синдром Лінча, якщо попереднє секвенування не виявило патогенних або ймовірно патогенних варіантів, а аналіз відповідних делецій/дуплікацій не проводився або був технічно обмеженим;
• уточнення спадкової причини порушень системи MMR у пухлині, зокрема при втраті експресії MSH2/MSH6 або MLH1/PMS2, у межах послідовного діагностичного алгоритму;
• підтвердження або уточнення CNV MLH1, MSH2 чи клінічно значущої делеції EPCAM, виявлених або запідозрених за результатами NGS;
• прицільне обстеження повнолітніх кровних родичів носія встановленої патогенної або ймовірно патогенної перебудови, якщо вона входить до діапазону виявлення тесту;
• перевірка гермінального походження клінічно значущої перебудови, виявленої в пухлині, за рекомендацією лікаря-генетика.

При втраті експресії MLH1/PMS2 необхідно враховувати результати дослідження метилування промотора MLH1 у пухлині, а при колоректальному раку - також BRAF V600E відповідно до діагностичного алгоритму. Виявлення dMMR або MSI-H саме по собі не підтверджує синдром Лінча.

Перед призначенням аналізу оцінюють особистий і сімейний анамнез, результати пухлинного тестування та обсяг попереднього генетичного дослідження. Негативний результат NGS не потребує автоматичного доповнення методом MLPA, якщо відповідні CNV вже були належно проаналізовані.

Дослідження дозволяє виявити спадкові перебудови, пов’язані із синдромом Лінча, які могли залишитися невиявленими під час секвенування без валідованого аналізу CNV.

Встановлення патогенної або ймовірно патогенної гермінальної перебудови, що спричиняє синдром Лінча, має значення для:

• підтвердження молекулярно-генетичного діагнозу;
• персоналізації ендоскопічного спостереження та профілактики колоректального раку;
• визначення заходів спостереження та зниження ризику інших асоційованих пухлин з урахуванням гена, статі, віку й анамнезу;
• планування хірургічної тактики та подальшого спостереження у пацієнтів з онкологічним захворюванням;
• медико-генетичного консультування та каскадного тестування кровних родичів.

Підтвердження синдрому Лінча доповнює клінічну оцінку пацієнта, але не замінює визначення MMR/MSI-статусу пухлини. Рішення щодо застосування імунотерапії приймають з урахуванням пухлинних біомаркерів, типу та стадії захворювання і чинних показань.

Негативний результат не виключає синдрому Лінча, оскільки дослідження охоплює визначені типи змін і ділянки генів. Подальше обстеження планують з урахуванням попереднього тестування, результатів ІГХ/MMR, MSI та особистого й сімейного анамнезу.

Варіанти невизначеного клінічного значення (VUS) не є самостійною підставою для зміни лікування або профілактичних операцій. Клінічні рішення ґрунтуються на підтвердженому результаті та класифікації виявленої зміни.

Синдром Лінча — CNV MLH1/MSH2/EPCAM, MLPA