ДІЛА впровадила тестування на «Омікрон»

Тести на штам коронавірусу, який у світі вже охрестили як найбільш заразний, доступні в Україні завдяки оперативному впровадженню нових тестових можливостей в ДІЛА. Відтепер виявити штам Sars-Cov-2 «Омікрон» можна за допомогою дослідження «Коронавірус (SARS-Cov-2), COVID-19, РНК RT-ПЛР-якісний, мутації» (ПЛР мутації) з отриманням висновку про виявлені мутації.

Отримані дані дають змогу лікареві обрати правильну тактику лікування, застосувати алгоритм обстежень у небезпечні періоди перебігу недуги та підібрати максимально ефективну стратегію лікування для кожного пацієнта.

Дослідження ПЛР мутації дозволяє:

• виявити генетичний матеріал коронавірусу в БМ від 500 копій/мл;
• отримати висновок про виявлену мутацію з вказанням штаму коронавірусу;
• визначити відносне вірусне навантаження, що вказує на ступінь заразності ПЦ;
• отримати безкоштовний переклад англійською мовою.
   

Ефективність тестів

Добре знані у світі ПЛР-тести, які вже продемонстрували свою ефективність, продовжують застосовувати для виявлення інфекції, у тому числі й штаму «Омікрон». Також тривають дослідження спрямовані на визначення впливу на інші типи тестів, включаючи швидкі тести на виявлення антигену.   

ДІЛА використовує ПЛР тест-системи зі, щонайменше, двома цільовими зонами, які відсутні у переліку «мутованих», що унеможливлює отримання «хибнонегативного" результату, позаяк тест системи розташовані в генах E, N, RdRp, а переважна більшість мутацій, властивих «Омікрону» (B.1.1.529), локалізуються в гені S.

Також в ДІЛА використовуються антиген швидкі тести, які визначають нуклеокапсидний (висококонсервативний) ген Sars-Cov-2, тому виявити вдається навіть мутовані штами коронавірусу при середньому та високому вірусному навантаженнях.

Що відомо про нову мутацію

За попередніми висновками вчених штам коронавірусу «Омікрон» поширюється не просто швидше за дельта-варіант, а зі швидкістю, якої ще не бачили в жодному попередньому варіанті. Випадки зараження новим штамом підтверджено у 77 країнах і реальність така, що «Омікрон», ймовірно, є в більшості країн, навіть якщо його ще досі не було виявлено. Про це повідомляє ВООЗ. Вчені застерігають, що «Омікрон» буде домінуючим штамом уже в січні наступного року.

Виявлення Омікрону

24 листопада 2021 року ВООЗ повідомили про новий варіант SARS-CoV-2, B.1.1.529. Цей новий варіант вперше був виявлений у зразках, зібраних 11 листопада 2021 року в Ботсвані та 14 листопада 2021 року в Південній Африці.

26 листопада 2021 року ВООЗ визначила штам SARS-CoV-2 B.1.1.529 таким, що викликає занепокоєння. Це рішення було ухвалено на основі рекомендацій Технічної консультативної групи з вивчення еволюції вірусу SARS-CoV-2.

Відтак, штам B.1.1.529 «Омікрон» став п’ятим штамом SARS-CoV-2, що викликає занепокоєння. Раніше до цього переліку входили чотири наступні:

• B.1.1.7 — «Альфа», уперше виявлений у Великій Британії;
• B.1.351 — «Бета», уперше виявлений у Південно-Африканській Республіці;
• P.1 — «Гамма», уперше виявлений у Бразилії;
• B.1.617 — «Дельта», уперше виявлений в Індії.
   

Після виявлення варіанту B.1.1.529 у Південно-Африканській Республіці епідеміологічна ситуація в країні характеризувалася трьома окремими піками захворюваності, останній із яких був зумовлений переважно штамом «Дельта». За останні тижні спостерігався різкий спалах інфікувань, який збігся з виявленням нового варіанту B.1.1.529. Перший підтверджений випадок інфікування цим штамом було зареєстровано за підсумками секвенування проби біоматеріалу, відібраної 9 листопада 2021 року.

18 грудня Міністр охорони здоров’я – Віктор Ляшко повідомив про перший випадок зараження «Омікроном» в Україні. Інфікована особа повернулась з Об’єднаних Арабських Еміратів, де мала контакт з хворим на COVID-19.

Чим небезпечний «Омікрон»?

Штам B.1.1.529 «Омікрон» є дуже дивергентним варіантом з п’ятдесятьма мутаціями, які можуть підвищити його передаваність і забезпечити певний ступінь імунної втечі. Попередні дані вказують на пов’язаний із цим варіантом підвищений ризик повторного інфікування в порівнянні з іншими варіантами.

Вже відомо про зареєстрований і описаний випадок смерті від «Омікрону», однак у описі відсутня деталізація щодо статусу вакцинації, а даних для повноцінної оцінки цього параметру замало, та сам факт викликає стурбованість.

«Невидима» версія «Омікрону»

Британські вчені інформують про «невидиму» версію «Омікрону», яка має багато спільних мутацій зі стандартною версією, однак у ній відсутня та частина генетичних мутацій, яка дозволяє використовувати звичайні ПЛР системи для виявлення зараження. «Невидиму»  версію «Омікрону» вдалось ідентифікувати серед зразків геномів коронавірусу, наданих  Південною Африкою, Австралією та Канадою, проте цілком імовірно, що його поширеність значно більша. Ці особливості «Омікрону» примусили розділити його на 2 різні лінії:

1. Стандартний варіант «Омікрону» BA.1
2. Новий варіант BA.2

«Невидима» версія суттєво відрізняються генетично, відтак і поводиться інакше, і ідентифікується важче.

Тест системи, які рутинно використовують в Британії та багатьох інших країнах світу, і які складають близько половини усіх тестів у країні, шукають три гени у вірусі, однак, тести на «Омікрон» показують «позитивний» результат лише у відповідь на два з них, що зумовлено мутаціями в гені «S».

Перебіг захворювання

Поки не зрозуміло, чи викликає інфекція «Омікрон» більш важке захворювання порівняно з інфекціями та іншими варіантами, включаючи «Дельта». Попередні дані свідчать про зростання кількості госпіталізацій у Південній Африці, але це може бути пов’язано зі збільшенням загальної кількості людей, які інфікуються, а не через специфічне зараження «Омікрон». Відмінною рисою нового штаму є міалгія, тобто м'язовий біль, однак, експерти в галузі охорони здоров'я поки не можуть пояснити його причин.

Початкові повідомлення про інфікування були серед студентів університетів — молодших людей, які, як правило, мають більш легкі форми захворювання, — але розуміння рівня тяжкості варіанту «Омікрон» займе від кількох днів до кількох тижнів. Усі варіанти COVID-19, включаючи варіант «Дельта», який є домінуючим у всьому світі, можуть спричинити тяжке захворювання або смерть, зокрема для найбільш уразливих людей, і тому профілактика завжди є ключовою.

Попередні дані свідчать про те, що може бути підвищений ризик повторного зараження «Омікроном» (тобто люди, які раніше хворіли на COVID-19, можуть легше повторно заразитися «Омікроном»), порівняно з іншими варіантами, що викликають занепокоєння, але інформація обмежена.

Ефективність вакцин

ВООЗ співпрацює з технічними партнерами, щоб зрозуміти потенційний вплив цього варіанту на наші існуючі контрзаходи, включаючи вакцини. Сьогодні вже відомо, що через більшу кількість мутацій зокрема в гені S «Омікрон» більш стійкий до раніше розроблених вакцин, але викликає менш важкий перебіг. Тому використання вакцин залишається вирішальним для зменшення важкості захворювання і смертності, у тому числі проти домінантного циркулюючого варіанту, «Дельта». Сучасні вакцини залишаються ефективними проти важких захворювань і смерті.

Ефективність сучасних методів лікування

Кортикостероїди та блокатори рецепторів IL6 залишаться ефективними для лікування пацієнтів із тяжким перебігом COVID-19. Інші методи лікування будуть оцінені, щоб побачити, чи вони все ще настільки ефективні, з огляду на зміни частин вірусу у варіанті «Омікрон».

Діагностика «Омікрону»

ПЛР тест-системи, що використовуються в ДІЛА, визначають коронавірус за цільовими висококонсервативними та високоспецифічними генами: E, N, ORF1ab, RdRp, тоді як переважна більшість мутацій, що притаманні штаму «Омікрон» (B.1.1.529) локалізовані в гені S. Завдяки цьому, вдається виявити навіть мутований штам, унеможливлюючи отримання «хибно негативного» результату.

Для ПЛР дослідження ДІЛА використовує запатентовану європейську технологію Fast Trask Diagnostics^TM, яка гарантовано забезпечує достовірні результати вже за 8 годин і рекомендована головними дозвільними органами США та Європи, позаяк, не потребує перепостановки тесту. Тестова система визначає таргетні гени коронавірусу Sars-Cov-2: високоспецифічні та висококонсервативні ORF1ab та N, тому коли пацієнт одержує позитивний результат RT-ПЛР - робити додатковий тест для підтвердження немає необхідності.

В ДІЛА також доступна діагностика «Омікрону» методами: «ПЛР якісний» та «ПЛР мутації», які виявляють новий штам вірусу без надання висновку про мутацію.